Provozní proces zahušťovače typicky začíná zařízením pro distribuci nástřiku, které zajišťuje, že kaše je distribuována rovnoměrně po celé nádrži, čímž se zabrání lokalizovaným oblastem nadměrné koncentrace nebo turbulentního proudění. V této fázi se pevné částice začnou vlivem gravitace pomalu usazovat, zatímco čirá kapalina se postupně odděluje a stoupá vzhůru a vytváří vrstvenou tekutou-pevnou strukturu. Aby byla zajištěna optimální účinnost usazování, musí být rychlost posuvu udržována ve vhodném rozsahu: nesmí být tak rychlá, aby způsobovala, že částice v horních vrstvách byly smeteny nahoru, ani tak pomalá, aby ohrozila zpracovatelskou kapacitu zařízení.
Během zahušťovací fáze tvoří pevné částice hromadící se na dně zesílenou vrstvu. Škrabky nebo míchadla se pomalu otáčejí podél dna nádrže, aby rovnoměrně dopravovaly tento zahuštěný materiál směrem k vypouštěcímu otvoru a současně zabraňovaly tvorbě stagnujících zón na dně. Čirá kapalina v horní vrstvě proudí přes přepadový jez do sběrné žlaby, čímž se dosahuje účinného odlučování kapaliny-pevných látek. Operátoři mohou řídit rychlost zahušťování a konečnou koncentraci kejdy nastavením parametrů, jako je rychlost otáčení škrabky, hladina kapaliny a rychlost podávání zahušťovadla, což zajišťuje, že zařízení pracuje s vysokou účinností při zachování rovnoměrnosti kejdy.
Zahuštěná kejda na dně je nepřetržitě vypouštěna škrabkami a dopravována do další fáze procesu-, jako je likvidace hlušiny, filtrace nebo čerpání do skladovací nádrže kejdy. Současně může být čirá přepadová kapalina z horní vrstvy zahušťovadla buď regenerována nebo vypouštěna. Celý proces typicky funguje nepřetržitě; prostřednictvím cyklické sekvence kontinuálního přivádění, usazování, zahušťování a vypouštění dosahuje zařízení účinné koncentrace pevných částic v suspenzi a separaci čiré kapalné fáze. Dále lze optimalizací provozních parametrů a uvážlivým přidáváním flokulantů urychlit rychlost usazování a snížit zákal čiré kapaliny, čímž lze splnit specifické požadavky různých výrobních procesů.
